Cuzco é uma cidade muito alta, com 3.310 metros de altitude. Seu nome significa “umbigo”, no idioma quíchua (língua Inca) e por isso é chamada pelos locais de “umbigo do mundo”. Sua população atual é de cerca de 300 mil habitantes. Sua principal característica é ter a cidade colonial espanhola assentada sobre a cidade inca, feita com as maiores pedras do império e as mais arredondadas, preservando seu traçado e sua engenharia e hidráulica. Um dos pontos turísticos mais visitados da cidade é o Templo do Sol dos Incas, ou Coricancha. Esse templo foi um dos mais importantes lugares de culto do Império Inca, edificado em honra ao sol. Muitas de suas paredes eram revestidas em ouro na direção ao sol nascente. Em seu interior haviam muitos tesouros, saqueados na colonização espanhola. Hoje abriga o Convento de Santo Domingo. Outra visita obrigatória na cidade é a pedra dos 12 ângulos e uma torre reconstruída após o terremoto de 1650. A Plaza de Armas ou Plaza Mayor, ladeada por construções que abrigam nos recuos corredores de lojas de artesanato, é o ponto de encontro da cidade. Ajardinada, ampla, festiva, com cenários inesquecíveis vistos de qualquer de seus quatro lados.
Cuzco se expande pelo vale que forma o rio Huatanay e pelos montes vizinhos. Seu clima é geralmente seco e temperado. Tem duas estações definidas: uma de secas entre abril e outubrro, com dias ensolarados, noites frias e temperatura média de 13 °C; e outra chuvosa, de novembro a março, temperatura média de 12 °C. Nos dias ensolarados a temperatura alcança 20 °C. Por sua antiguidade e importância histórica, o centro da cidade conserva muitos edifícios, praças e ruas de épocas pre-hispânicas assim como construções coloniais, o que motivou ser declarada Patrimônio Mundial em 1983, pela UNESCO.
Cuzco era o mais importante centro administrativo e cultural do Império Inca. Depois do fim do império, em 1532, o conquistador espanhol Francisco Pizarro, invadiu e saqueou a cidade. A maioria dos edifícios incas foi arrasada pelos clérigos católicos com o duplo objetivo de destruir a civilização inca e construir com suas pedras e tijolos as novas igrejas cristãs e demais edifícios administrativos dos dominadores, desta forma impondo sua pretensa superioridade européia. A maioria dos edifícios construídos depois da conquista é de influência espanhola com uma mistura de arquitetura inca, inclusive a igreja de Santa Clara e San Blas. Freqüentemente, são justapostos edifícios espanhóis sobre as volumosas paredes de pedra construídas pelos incas. De forma interessante, o grande terremoto que ocorreu na cidade em 1950, destruiu uma construção de padres dominicanos, expôs que esta fora erigida em cima do Templo do Sol, que curiosamente resistiu firmemente ao terremoto. Esta teria sido a segunda vez que aquela construção dos dominicanos fora destruída, sendo que a primeira vez fora no terremoto de 1650 quando a construção espanhola era bem diferente.
Outros exemplos da arquitetura inca são: a fortaleza de Machu Picchu que se situa no final da Estrada Inca (Trilha Inca), a fortaleza Ollantaytambo, e a fortaleza de Sacsayhuaman que fica aproximadamente a dois quilômetros de Cuzco. A área circunvizinha, situada no vale de Huatanay, tem uma agricultura forte, com o cultivo de milho, cevada, quinino, chá e café, além da mineração de ouro. Por dados arqueológicos e antropológicos estudou-se o verdadeiro processo da ocupação de Cuzco. O consenso aponta a que, devido ao colapso do reino de Taypiqala, produziu-se a migração de seu povo. Este grupo de cerca de 500 homens teria se estabelecido paulatinamente no vale do rio Huatanay, processo que culminaria com a fundação de Cuzco. É desconhecida a data aproximada, porém, graças a vestígios, há um consenso que o local onde se localiza a cidade já se encontrava habitado há 3000 anos. Porém, considerando unicamente seu estabelecimento como capital do Império Inca (meados do século XIII), Cuzco aparece como a cidade habitada mais antiga de toda América. Foi a capital e sede de governo do Reino dos incas e seguiu sendo ao iniciar-se a época imperial, tornando-se a cidade mais importante dos Andes. Esta posição lhe deu proeminência e a converteu no principal foco cultural e eixo do culto religioso. Atribui-se ao governante Pachacuti ter feito de Cuzco um centro espiritual e político. Pachacuti chegou ao poder em 1438, e ele e seu filho Túpac Yupanqui dedicaram cinco décadas à organização e conciliação dos diferentes grupos tribais sob seu domínio, entre eles os Lupaca e os Colla. Durante o período de Pachacuti e Túpac Yupanqui, o domínio de Cuzco chegou até Quito, ao norte, e até o rio Maule, ao sul, integrando culturalmente os habitantes de 4.500 quilômetros de cadeias montanhosas.
Os conquistadores espanhóis souberam desde sua chegada ao que é hoje território peruano que sua meta era tomar a cidade de Cuzco, capital do império. Logo ao capturar o inca Atahualpa em Cajamarca, iniciaram sua marcha até Cuzco. No caminho fundaram muitas cidades. A luta pela capital foi encarniçada, porém, da mesma forma que nos demais combates, os conquistadores obtiveram a vitória. Em 15 de novembro de 1535, Franscico Pizarro estabeleceu o domínio espanhol na cidade de Cuzco, estabelecendo como Praça de Armas, o local que ainda mantém a cidade moderna e que era também a praça principal durante o império inca e que se encontrava rodeada dos palácios dos soberanos incas. No lado norte iniciou-se a construção da Catedral. Pizarro outorgou a Cuzco a denominação “Cuzco, Cidade Nobre e Grande” em 23 de março de 1534..
A cidade se converteu em um importante centro comercial e cultural dos Andes centrais, já que se encontrava nas rotas entre Lima e Buenos Aires. Porém, a administração do vice-reinado preferiu a povoação de Lima (fundada dois anos depois da tomada de Cuzco, em 1535) e principalmente a proximidade desta com o porto natural que seria Callao para estabelecer a cabeceira de seus domínios na América do Sul. A cidade já é mencionada no primeiro mapa conhecido sobre o Peru. Cuzco tornou-se o centro da administração do Vice-reino do Peru no sul do país, sendo no início a povoação mais importante, em detrimento das cidades recentemente fundadas de Arequipa e Moquegua. Sua população era principalmente de indígenas pertencentes à aristocracia inca a quem se respeitou alguns de seus privilégios. Também se radicaram alguns espanhóis. Nessa época iniciou-se o processo de mestiçagem cultural que hoje marca a cidade. O desenvolvimento urbano viu-se interrompido por vários terremotos que, em mais de uma ocasião, atingiram a cidade. Em 1650 um terremoto violento destruiu quase todos os edifícios coloniais. Em 1780 a cidade de Cuzco viu-se convulsionada pelo movimento iniciado pelo cacique José Gabriel Condorcanqui, Tupac Amaru II que levantou-se contra a administração espanhola. Seu levantamento foi sufocado depois de vários meses de luta, quando foram postas em xeque as autoridades espanholas estabelecidas em Cuzco. Tupac Amaru II foi vencido, feito prisioneiro e executado cruelmente junto com toda sua família na Praça de Armas de Cuzco. Ainda hoje existe, na lateral da Igreja da Companhia de Jesus, a capela que serviu de prisão ao líder. Este movimento se expandiu rapidamente por todos os Andes e marcou o início de processo de emancipação sulamericano.
O Peru declarou sua independência em 1821 e a cidade de Cuzco manteve sua importância dentro da organização político-administrativa do país. De fato, criou-se o departamento de Cuzco que abrangia inclusive os territórios amazônicos até o limite com o Brasil. A cidade foi a capital deste departamento e a cidade mais importante do sudeste andino. A partir do século XX, a cidade iniciou um desenvolvimento urbano num ritmo maior que o experimentado até esse momento. A cidade estendeu-se aos vizinhos distritos de Santiago e Wanchaq. Em 1911, partiu da cidade a expedição de Hiran Bingham que o levou a descobrir as ruínas incas de Mchu Picchu.
Em 1950 um terremoto sacudiu a cidade causando a destruição de mais de um terço de todos seus edifícios. A cidade começou a constituir-se como um foco importante de turismo e começou a receber um maior número de turistas. Desde os anos 1990, a atividade turística tomou um especial papel na economia da cidade com a consequente ampliação de atividades hoteleiras. Atualmente Cuzco é o principal destino turístico do Peru.